内分泌科是市级重点学科，成立于1995年，经过20多年的发展，现已成为鲁西南集医疗、教学、科研于一体的重点学科。开设内分泌糖尿病门诊、病房、内分泌实验室，病房开放床位39张。主任医师1名，副主任医师4名。科室承担济宁医学院、济宁市卫生学校的本专科临床教学任务。每年培养进修医生、护士10余名。每周二下午与齐鲁医院内分泌专家远程会诊，及时解决临床疑难病例。在糖尿病及其并发症、甲状腺疾病、高脂血症、肥胖症骨质疏松症等疾病的治疗方面独具特色。

                 医院先后购置了一大批先进设备，如胰岛素泵、动态血糖检查、糖尿病教育食品模型及大生化设备。可检测胰岛素、C-肽、糖化血红蛋白、谷氨酸脱羧酶抗体、甲状腺功能（T3、T4、FT3、FT4、h-TSH）、促甲状腺激素受体抗体（TRAb）、甲状腺球蛋白抗体(TGAb)、甲状腺过氧化物酶抗体(TPOAb)、甲状腺微粒体抗体(TMAb)、各种内分泌激素、甲状腺细针活检细胞学检查等项目。

                科室配有各种口服降糖药物和胰岛素。使用胰岛素泵强化治疗糖尿病，对胰岛功能进行功能评估、保护，多数新发的糖尿病人达到了临床治愈效果。科室主持承担了济宁市科研项目3项，任城区科研项目4项，获专利2项。主编著作2部，相继在国家级、省级杂志发表论文近10篇。